Триллионы бактерий и других микробов обитают в микробиоме нашего кишечника, и за последнее десятилетие ученые все больше понимают, какую жизненно важную роль они играют в создании здоровой среды желудочно-кишечного тракта. В эту разнообразную микробную среду интегрированы сотни клеток иммунной системы, которым поручено защищать организм от чужеродных захватчиков, что ставит ученых в тупик перед важным вопросом: как естественные защитные механизмы организма различают полезные и вредные бактерии? В исследовании, результаты которого опубликованы в журнале Immunity, ученые из Программы по инфекционным заболеваниям и микробиому Массачусетского технологического института и Гарварда, Центра вычислительной и интегративной биологии и отделения молекулярной биологии Массачусетской больницы общего профиля сделали новый шаг к ответу на этот вопрос. Используя разработанный ими вычислительный алгоритм для поиска антигенообразующих последовательностей ДНК в микробных генах, они выявили несколько антигенов, которые распознаются иммунной системой, но не переносятся ею. Один антиген, SusC, был обнаружен у всех здоровых людей, за которыми наблюдала группа, и переносился Т-клетками. Однако у пациентов с болезнью Крона - воспалительным заболеванием кишечника, которым страдает более миллиона человек в США - реакция Т-клеток на SusC выглядела совершенно иначе. Исследователи предполагают, что SusC и подобные антигены могут быть однажды использованы для мониторинга заболевания и разработки методов лечения людей, страдающих заболеваниями кишечника, связанными с иммунитетом.